8. rujna 2000. godine, potpisivanjem Memoranduma (JPEG, 93 KB) o uspostavi hrvatskog središta za razmjenu Internetskog prometa osnovan je CIX (Croatian Internet eXchange). Prezentacija sa svečanosti uspostave CIX-a održane u zgradi HGK (PDF, 500 KB)
Pet potpisnika memoranduma (Hrvatska akademska i istraživačka mreža CARNet, AT&T Global Network Services Hrvatska, Hrvatske telekomunikacije, Iskon Internet i VIP-NET) tako je definiralo organizacijske i tehničke okvire za CIX.
Početkom 2001. godine na drugom katu zgrade Sveučilišnog računskog centra uređena je prostorija CIX-a. Prilikom uređenja prostorije izvedena je sva neophodna električna (direktno napajanje i neprekidno napajanje) te telekomunikacijska (bakena i optička infrastruktura unutar Srca) infrastruktura. Osigurani su odgovarajući klimatski uvjeti unutar prostorije (vlaga i temperatura). Postavljena su pravila pristupa prostoriji koja garantiraju fizičku sigurnost opreme unutar prostorije, postavljen je i opremljen komunikacijski ormar za prihvat opreme članica CIX-a.
1. ožujka 2001. ostvareno je prvo spajanje na CIX (CARNet). Nakon što je 13. ožujka 2001. na CIX spojen Iskon Internet, ostvaren je i prvi peering u CIX-u.
Od osnivanja 2000. godine do 31. ožujka 2005. godine rad CIX-a financirala je Hrvatska akademska i istraživačka mreža CARNet kao svoju uslugu, a koju je osmislilo i tehnički održavalo Srce.
2005. godine, na osnivačkom sastanku Vijeća CIX-a Srce je kao domaćin u potpunosti preuzelo brigu o CIX-u. CIX je tako postao neprofitnom uslugom Srca čime su osigurani uvjeti za međusobno povezivanje i neprekidni rad CIX-a 24 sata dnevno tijekom cijele godine. 2006. godine održana je prva sjednica Vijeća CIX-a, a iste godine CIX je dobio i svoju petnaestu članicu.
Od 2008. godine CIX je punopravni član udruženja europskih središta za razmjenu internetskog prometa (European Internet Exchange Association, Euro‑IX), čiji je cilj promoviranje kulture otvorene razmjene ideja i iskustava među članicama. Iste je godine potpisan i prvi ugovor o članstvu i korištenju CIX usluga s jednom od inozemnih članica (VeriSign).
1. lipnja 2016. godine uspostavljena druga lokacija CIX-a, u Zagrebu, u podatkovnom centru Digital Realty ZAG1. Infrastruktura CIX-a je tako postala distribuirana na dvije lokacije u gradu Zagrebu. Iako je dotadašnji dizajn infrastrukture CIX-a osiguravao redundanciju preklopničke infrastrukture te je sama lokacija osiguravala redundanciju sustava napajanja, uspostavom CIX2 čvorišta ostvareno je dodatno povećanje dostupnosti usluge CIX.
CIX je od travnja 2025. usklađen s preporukama Mutually Agreed Norms for Routing Security (MANRS). Najvažnije preporuke su sprječavanje širenja netočnih informacija u usmjeravanju i zaštita peering infrastrukture. Za sprječavanje širenja netočnih informacija u usmjeravanju na route serverima, CIX upotrebljava validaciju IRR (Internet Route Registry) i RPKI (Resource Public Key Infrastructure).
U svibnju 2025. u rad je pušteno treće sjedište Croatian Internet Exchangea (CIX) u podatkovnom centru DC North u Varaždinu. Dodatnom distribucijom mrežne infrastrukture CIX-a, povećana je otpornost i dostupnost CIX-a te je članicama CIX-a pružena još bolja kvaliteta usluge, kao i pouzdanost i fleksibilnost.
