8. rujna 2000. godine, potpisivanjem Memoranduma (JPEG, 93 KB) o uspostavi hrvatskog središta za razmjenu Internetskog prometa osnovan je CIX (Croatian Internet eXchange). Prezentacija sa svečanosti uspostave CIX-a održane u zgradi HGK (PDF, 500 KB)
Pet potpisnika memoranduma (Hrvatska akademska i istraživačka mreža CARNet, AT&T Global Network Services Hrvatska, Hrvatske telekomunikacije, Iskon Internet i VIP-NET) tako je definiralo organizacijske i tehničke okvire za CIX.
Početkom 2001. godine na drugom katu zgrade Sveučilišnog računskog centra uređena je prostorija CIX-a. Prilikom uređenja prostorije izvedena je sva neophodna električna (direktno napajanje i neprekidno napajanje) te telekomunikacijska (bakena i optička infrastruktura unutar Srca) infrastruktura. Osigurani su odgovarajući klimatski uvjeti unutar prostorije (vlaga i temperatura). Postavljena su pravila pristupa prostoriji koja garantiraju fizičku sigurnost opreme unutar prostorije, postavljen je i opremljen komunikacijski ormar za prihvat opreme članica CIX-a.
Dana 01.03.2001. godine ostvareno je spajanje CARNet-a na CIX.
Dana 13.03.2001. godine ostvareno je spajanje ISKON-a na CIX.
Od osnivanja 2000. godine do 31. ožujka 2005. godine rad CIX-a financirala je Hrvatska akademska i istraživačka mreža CARNet kao svoju uslugu, a koju je osmislilo i tehnički održavalo Srce.
2005. godine, na osnivačkom sastanku Vijeća CIX-a Srce je kao domaćin u potpunosti preuzelo brigu o CIX-u. CIX je tako postao neprofitnom uslugom Srca čime su osigurani uvjeti za međusobno povezivanje i neprekidni rad CIX-a 24 sata dnevno tijekom cijele godine.
2006. godine održana je prva sjednica Vijeća CIX-a, a iste godine CIX je dobio i svoju petnaestu članicu.
Početkom 2008. godine CIX je postao novom članicom European Internet Exchange Association, (skraćeno Euro-IX), udruženja europskih središta za razmjenu internetskog prometa čiji je cilj promoviranje kulture otvorene razmjene ideja i iskustava među članicama. Iste je godine potpisan i prvi ugovor o članstvu i korištenju CIX usluge s jednom od inozemnih članica (VeriSign).
U svibnju 2011. godine u Srcu je pušteno u rad sjedište Google Global Cache (GGC). Odabir Srca za domaćina ove važne infrastrukture dodatno je naglasio ulogu CIX-a u razvoju Interneta u Hrvatskoj.
Također, 2011. godine promet preko CIX preklopnika prvi put je prešao granicu od 5 Gbps, a preneseni mjesečni promet u listopadu iznosio je više od 1 PB.
8. rujna 2015. godine u Srcu je obilježena 15. obljetnica uspostave CIX-a. Tom prigodom održana je svečana sjednica Vijeća, a premijerno je prikazan kratki film o 15 godina rada CIX-a.
U siječnju 2016. godine CIX zajednici pridružio se i Microsoft.
